Mais une découverte venue d'une grotte de glace en Roumanie montre que cette résistance ne date pas d'hier... et qu'elle pourrait aussi devenir une opportunité scientifique. L'étude, publiée dans Frontiers in Microbiology, apporte un éclairage inédit sur l'origine naturelle de la résistance bactérienne.

Une découverte glaciaire qui éclaire les origines de la résistance aux antibiotiques

Dans la grotte souterraine de Scărișoara, les chercheurs ont isolé une bactérie emprisonnée dans la glace depuis environ 5 000 ans. La souche étudiée, baptisée Psychrobacter SC65A.3, appartient à un genre de bactéries adaptées aux environnements extrêmement froids. Pour l'extraire, les scientifiques ont foré une carotte de glace de 25 mètres dans la « Grande Salle » de la grotte. Les échantillons ont été manipulés dans des conditions strictement stériles afin d'éviter toute contamination moderne.

Les tests en laboratoire ont révélé que la souche était résistante à pas moins de 10 antibiotiques appartenant à différentes classes thérapeutiques, dont la rifampicine, la vancomycine ou encore la ciprofloxacine. Plus frappant encore : son génome contient plus de 100 gènes potentiellement associés à la résistance.

Alimentée par l’usage excessif et inadapté des antibiotiques, l'antibiorésistance constitue aujourd’hui l’une des menaces majeures pour la santé mondiale. © Kaliel, Adobe Stock

« Malgré son origine ancienne, cette souche présente une résistance à de nombreux antibiotiques modernes », explique la Dr Cristina Purcarea, de l'Institut de biologie de Bucarest. Autrement dit, bien avant l'invention des antibiotiques par l'humain, certaines bactéries avaient déjà développé des mécanismes de défense.

Cette découverte rappelle une réalité fondamentale : les antibiotiques existent naturellement dans l'environnement. En 2011, une étude publiée dans Nature avait analysé des bactéries extraites du permafrost arctique, âgées de près de 30 000 ans. Résultat : ces micro-organismes anciens possédaient déjà des gènes de résistance à plusieurs classes d'antibiotiques modernes, notamment les bêta-lactamines, les tétracyclines et les glycopeptides.

Résistance bactérienne naturelle : une menace cachée dans les glaces

Si ces bactéries sont restées confinées dans la glace pendant des millénaires, le changement climatique pourrait modifier la donne. La fonte progressive des glaces soulève une question sensible : que se passerait-il si ces gènes de résistance entraient en contact avec des bactéries pathogènes actuelles ? « Si la fonte des glaces libère ces microbes, leurs gènes pourraient se propager aux bactéries modernes », prévient Dre Purcarea. 

Si la fonte des glaces libère ces microbes, leurs gènes pourraient se propager aux bactéries modernes 

La découverte souligne que la résistance aux antibiotiques est profondément enracinée dans l'histoire naturelle de la Terre. L'usage excessif d'antibiotiques en médecine et en élevage ne crée pas la résistance ex nihilo : il sélectionne et amplifie des mécanismes déjà présents dans l'environnement.

Des bactéries anciennes vers une nouvelle source d’antibiotiques ?

Mais la même souche bactérienne présente aussi des propriétés prometteuses. Les chercheurs ont identifié des enzymes actives à basse température, susceptibles d'intéresser la recherche biotechnologique. Plus intriguant encore : en laboratoire, la bactérie a montré une capacité à inhiber la croissance de certaines bactéries multirésistantes, ouvrant des pistes pour de futurs travaux.

Son génome renferme près de 600 gènes aux fonctions encore inconnues, ainsi qu'une dizaine potentiellement impliqués dans la production de composés antimicrobiens. « Ces bactéries anciennes représentent à la fois un risque et une opportunité », souligne l'équipe. Elles pourraient inspirer le développement de nouveaux antibiotiques ou de nouvelles stratégies pour contourner les résistances actuelles.

Dans un contexte où la recherche de nouvelles molécules antibactériennes peine à suivre le rythme de l'évolution microbienne, explorer les environnements extrêmes devient une piste stratégique. Les grottes de glace, les abysses marins ou les sols polaires constituent des bibliothèques génétiques encore largement inexplorées.