Le microbiote intestinal regroupe tout un ensemble de micro-organismes (bactéries, virus, champignons et parasites) présents dans le tube digestif. Depuis de nombreuses années, les preuves s’accumulent quant au rôle primordial que joue cet écosystème sur notre santé : digestion, métabolisme, fonctionnement du système immunitaire... Il est également étudié pour ses liens avec certaines maladies et l’efficacité de traitements, notamment dans le domaine du cancer.

Or de nombreux facteurs peuvent conduire à une « dysbiose », autrement dit un déséquilibre de cet écosystème : sédentarité, infections gastro-intestinales, certaines pathologies digestives inflammatoires, telles que le syndrome de l’intestin irritable...

« Mais leurs résultats sont peu fiables, c’est pourquoi de nombreux médecins les déconseillent formellement », alerte l’Inserm sur son Canal Detox, dédié aux fake news en matière de santé.

Ainsi, dans une étude publiée fin 2024 dans la revue Microbiome, des scientifiques ont envoyé le même échantillon de selles à plusieurs laboratoires. Problème, les résultats divergent d’un établissement à l’autre. « La diversité bactérienne, un indicateur clé de la santé intestinale, a été jugée ‘excellente’ par un laboratoire, ‘défavorable’ par un autre, et simplement ‘moyenne’ par deux autres, détaille l’Inserm. Plus inquiétant, certaines entreprises faisaient états dans leurs analyses des risques sérieux, tels que les cancers, maladies neurodégénératives,  syndrome du côlon irritable, dépression… sur la seule base de la présence ou non de certaines bactéries, alors que la littérature scientifique actuelle ne permet absolument pas de tirer de telles conclusions individuelles. »

Preuve qu’il n’existe pas aujourd’hui de méthode universelle qui permette de définir précisément ce qu’est un microbiote « normal » ou « déséquilibré ». Mais surtout, « la variabilité du microbiote intestinal est telle que ce qui correspond à un déséquilibre chez un individu peut être parfaitement normal chez un autre », continue l’Inserm.

Un point que corrobore la Société française de micorobiologie. Dans une tribune publiée dans Le Monde en 2023 et intitulée « Tests de microbiote fécal : Le déséquilibre observé chez un individu ne peut pas être extrapolé à d’autres », un collectif de médecins recommandait de ne pas utiliser ces tests à titre individuel. Ils risquent de susciter de faux espoirs, d’inquiéter inutilement ou d’orienter vers des conseils alimentaires et des traitements non validés, voire inadaptés.

Ces produits sont considérés comme des compléments alimentaires, et non comme des médicaments. Ils ne sont donc pas soumis aux mêmes obligations d’essais cliniques rigoureux avant d’être commercialisés, ce qui signifie qu’aucune donnée solide ne permet, à ce jour, d’établir leur efficacité.

De plus, les compléments alimentaires destinés à « rééquilibrer » le microbiote intestinal n’ont pas les mêmes effets chez tous les individus, et peuvent même produire l’effet inverse de celui recherché. Ainsi, une étude de l’Inserm suggère qu’une souche prescrite depuis longtemps contre les troubles digestifs, la bactérie E. coli « Nissle 1917 », produit une molécule pouvant endommager l’ADN chez certaines personnes.

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