Au Centre pour la protection des végétaux, à North Saanich, sur l’île de Vancouver, on scrute des plantes pour détecter des virus, notamment dans l’optique de les laisser entrer au Canada.

Cette installation de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) est la seule au pays permettant la quarantaine à l'entrée, la recherche et le diagnostic pour l'analyse virale de tous les arbres fruitiers, vignes et petits fruits comme les baies.

Depuis novembre dernier, les équipes travaillent dans un bâtiment flambant neuf. Dans la serre, le virologiste des plantes Mike Rott inspecte une plante infectée. On constate un enroulement des feuilles et une croissance globalement retardée.

Là, les chercheurs conduisent des bioessais, infectent des plantes pour étudier les virus, comparent les plantes infectées aux plantes saines et décident quels types de nouveaux végétaux peuvent entrer au Canada en vérifiant l’absence de maladies.

Le Centre pour la protection des végétaux à North Saanich, sur l'île de Vancouver, est depuis novembre 2024 dans un bâtiment flambant neuf, alors que les anciennes structures dataient des années 1960.

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

Une fois qu'une plante est infectée par un virus, elle est irrécupérable. [...] Nous disposons d'un processus d'élimination, mais il est très long.

Si de nouvelles maladies arrivent au Canada et infectent par exemple des vergers ou des vignobles, le seul remède est de couper les plantes et de les brûler. Outre l’aspect sanitaire, c’est toute une économie qui peut alors souffrir, car le fait de rendre les plantes plus fortes en modifiant leur génétique n'est pas quelque chose de particulièrement acceptable par le public, précise Mike Rott.

Mike Rott est chercheur en science moléculaire, recherche d'agent pathogène chez les plantes, au Centre pour la protection des végétaux.

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

Alors que le développement des tests pour certains virus peut prendre de deux à trois ans, l’utilisation de certaines technologies basées sur l’ADN permet d'accélérer les processus.

Avec un test génomique utilisant une technique moléculaire, on peut dépister tous les virus présents dans la plante en un seul test [...] réalisable en une semaine ou deux, se réjouit Mike Rott. Cela permet aussi de faire davantage de tests.

Le Centre délivre également les certificats phytosanitaires pour les entreprises canadiennes souhaitant exporter des végétaux.

Le Centre pour la protection des végétaux à North Saanich travaille sur l'analyse des pathogènes des fruits de l'arbre, des petits fruits et de la vigne importés (bactéries, virus et organismes analogues aux virus).

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

Pertes économiques

En Colombie-Britannique, quand des cultivateurs constatent un problème sur leurs plantes, ils s’adressent au ministère de l’Agriculture qui peut faire des tests, explique Mike Rott. [S'ils ne sont pas concluants] souvent [le Ministère] nous les envoie et nous les examinons de plus près pour voir si [le virus] est nouveau et ce que nous pouvons faire.

Basudev Ghoshal est chercheur en virologie moléculaire.

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

Basudev Ghoshal, chercheur en virologie moléculaire, travaille pour le ministère fédéral de l’Agriculture (AAC), avec le Centre de recherche et de développement de Summerland, mais est actuellement à North Saanich pour travailler dans un esprit de collaboration entre l’AAC et l’ACIA.

Cela lui permet de travailler à la fois sur des maladies étrangères et sur celles déjà présentes au pays. Il s’intéresse notamment à la maladie des petites cerises qui cause des pertes de récoltes massives dans l’État de Washington et au virus de la brunissure nécrotique du bleuet dans la vallée du Fraser.

[Si] ce n'est qu'une seule plante [...] on ne voit pas de perte économique, n'est-ce pas? Mais, une fois que la maladie se propage, l'impact est considérable.

Le Centre pour la protection des végétaux à North Saanich combine la virologie végétale traditionnelle avec des outils de recherche de pointe (automatisation, robotique, plates-formes de séquençage à haut débit, apprentissage automatique, intelligence artificielle, génomique et protéomique).

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

La nouvelle installation peut permettre de simuler des environnements dans des chambres de culture permettant de surveiller l'humidité, la température et bien d'autres paramètres, comme l'explique Basudev Ghoshal.

Nous utilisons également des outils informatiques pour créer des outils de calcul [...] permettant de prédire la gravité des interactions entre l'hôte et le virus, ou de faciliter des projets qui faciliteront les programmes de sélection [de nouvelles variétés].

Le but est notamment de développer la résistance aux maladies virales ou des cultures mieux acclimatées à l'environnement en utilisant des outils de génomique, de protéomique ou de transcriptomique.

Insectes et changements climatiques

Mike Rott explique que le Centre travaille également avec des pépinières pour les inciter à produire du matériel propre que les producteurs pourront acheter au lieu que d'utiliser des boutures, certes moins chères, mais pouvant transmettre des virus.

Les insectes, également, peuvent transmettre des virus aux plantes, et, à cause des changements climatiques, ils nuisent à de nouveaux territoires. Avec les changements climatiques et le commerce, ces vecteurs [de transmission] apparaissent et ces maladies commencent à se propager, dit Mike Rott.

Andrea Kalischuk, directrice du laboratoire, précise que le nouveau bâtiment a un niveau 2 de confinement des phytoravageurs, ce qui améliore la capacité à travailler avec les insectes ou les arthropodes. Nous pouvons désormais travailler dans les domaines du changement climatique pour mieux anticiper et prédire les épidémies de maladies chez les plantes avant qu'elles ne surviennent.

Andrea Kalischuk est directrice de laboratoire au Centre pour la protection des végétaux.

Photo : Radio-Canada / Mélinda Trochu

Au fur et à mesure des décennies, le Centre a constaté des changements dans les préférences des Canadiens, notamment en ce qui concerne les fruits qu'ils souhaitent consommer, comme les pommes sucrées, ou les raisins, notamment les raisins de cuve, ainsi que les vins qu'ils souhaitent consommer ou exporter, dit Andrea Kalischuk.

Si vous aimez vos fruits et vos produits vinicoles, alors nous avons probablement travaillé pour produire certains des produits que vous mangez ou buvez, dit Andrea Kalischuk en souriant.