"La bactérie a donc certainement un potentiel pour s'installer chez nous. Va-t-elle provoquer des symptômes, une épidémie comme celle qu'on voit ailleurs dans le monde ? C'est peut-être la question", juge Claude Bragard, qui s'apprête à commencer une étude évaluant précisément ce risque pour nos régions. On sait en tout cas que la bactérie, au XIXe siècle, a ravagé la vigne californienne et est la raison pour laquelle on ne cultive plus de vigne dans le sud de cet Etat américain.

Mais ce n'est pas la seule bactérie à avoir fait des ravages dans l'agriculture. C'est aussi à une bactérie (le feu bactérien) que l'on doit en Belgique la disparition des poiriers à haute tige. Et nos champs de pommes de terre connaissent aussi, par exemple, la maladie de la pourriture brune ou annulaire, due à la bactérie Ralstonia solanacearum, importée via des tubercules de pommes de terre. L'Afsca doit parfois procéder à des arrachages, afin d'éviter que cette bactérie s'installe chez nous, avec des impacts économiques à la clé.

Nouvelle voie pour la lutte contre les maladies

Face à ces bactéries pouvant potentiellement entraîner des épidémies, une nouvelle voie de lutte se dessine : soigner le mal par le mal. En clair, lutter contre ces bactéries… par d'autres bactéries. Depuis une dizaine d'années, les scientifiques ont en effet fait une découverte qui révolutionne la vision que nous avions des plantes : comme les humains qui possèdent dans leur intestin des milliards de micro-organismes ayant un effet sur la santé, les plantes ont elles aussi un tel "microbiote", très important pour sa croissance.

"Cette découverte du microbiote de la plante bouleverse notre compréhension de celle-ci. Elle montre qu'on doit aussi envisager la plante avec l'ensemble des micro-organismes qui la compose, résume Claude Bragard, professeur au Earth and Life Institute de l'UCLouvain. Bien sûr, la plante ne va pas manger avec une bouche comme nous, mais la plante se nourrit principalement au départ de ses racines. Cette composante est la rhizosphère. Tous ces micro-organismes (bactéries, champignons) en association avec la racine jouent un rôle extrêmement important dans l'alimentation de la plante, mais aussi dans la résistance au stress hydrique. Autour des racines, se trouvent des biofilms microbiens – des bactéries – spécialement adaptées à cet endroit. La plante peut sélectionner dans cette population microbienne autour des racines des bactéries qui sont capables de passer via les systèmes de transport de la plante (xylème et phloème) vers les parties supérieures de la plante. On va en effet ensuite retrouver ces micro-organismes dans les feuilles, dans les tiges, dans les organes reproductifs, dans les fleurs…"

Les expériences montrent que sans microbiome, une plante pousse nettement moins vite. Celui-ci stimule en effet les éléments nutritifs, aide à l'absorption d'eau mais aussi à la résilience aux maladies, la spécialité de Claude Bragard. De manière générale, les scientifiques commencent maintenant à bien comprendre quels sont les grands types de bactéries associées aux plantes, mais aussi quels sont leurs arsenaux. Car ces bactéries possèdent des moyens d'attaques, très diversifiés, contre les autres micro-organismes de la plante. L'idée serait au final est alors de les utiliser comme moyen d'amélioration de la plante ou de lutte contre des bactéries détruisant les cultures.

Guerre avec des seringues de molécules toxiques

Dans une étude publiée ce vendredi dans Nature Ecology & Evolution, le laboratoire du Professeur Bragard dévoile justement les armes déployées par une bactérie cousine de celle détruisant les oliviers européens et responsable de la maladie de la striure du blé, Xanthomonas translucens. Concrètement, cette bactérie Xanthomonas est capable d'envahir les feuilles des céréales mais aussi de mener une véritable guerre à d'autres bactéries pour ces ressources. Pour l'emporter, cette bactérie a développé une série de mécanismes qui lui permettent de tuer ou inactiver les autres bactéries partageant le même environnement.

"Elles possèdent un système de sécrétion fabuleux : c'est comme si la bactérie développait une sorte de seringue, s'enthousiasme le scientifique. Cela lui permet d'aller injecter dans le corps de bactéries à côté des molécules qui ont la capacité de tuer. Nous avons a marqué ces bactéries et on peut les suivre. On a même des vidéos où on voit les bactéries qui sont tuées et qui explosent ! Nous avons aussi été capables de bien montrer quels étaient les gènes impliqués dans l'élaboration de ce système de sécrétion. La bactérie pathogène est donc capable d'interférer directement avec le microbiote de la plante, et d'en partie l'inactiver. Elle est capable d'interférer avec ces bonnes bactéries ou ces bons champignons présents en association avec la plante et les éliminer là où elle veut être active, c'est-à-dire dans le xylème, l'élément qui permet à la plante d'absorber l'eau. Une bactérie qui mange le xylème entraînera la flétrissure et le dessèchement de la plante."

L'idée générale serait ensuite de mettre à profit des bactéries de ce type et leurs "superpouvoirs", pour attaquer d'autres bactéries néfastes cette fois à certaines plantes et cultures, en utilisant, afin d'être prudent, des micro-organismes présents localement, à l'échelle d'une parcelle ou d'un "agro-système".

"Travailler avec le vivant est compliqué"

Ce qui permettrait de diminuer l'usage des fongicides classiques. "On n'a pas encore d'application directe, mais une meilleure compréhension de tous ces mécanismes de compétition entre bactéries va sans doute aider à mieux comprendre et gérer différemment les maladies de plantes. Nous sommes convaincus ainsi que le microbiote des céréales, où l'on trouve d'ailleurs aussi des bactéries avec des mécanismes similaires mais cette fois bénéfiques à la plante, peut être travaillé pour améliorer la résistance aux maladies. Mais cela reste complexe car les fongicides sont extrêmement efficaces. En outre, travailler comme ici avec le vivant est beaucoup plus compliqué."

Le mode d'application le plus logique serait en tout cas d'agir via la plante, en enrobant la semence d'un ensemble de bactéries, qui seraient associées aux racines émergentes, se développeraient et s'installeraient progressivement dans la plante, et rentreraient en compétition avec les micro-organismes du sol plus néfaste au végétal.