Dans l’éventualité que la pandémie de Covid-19 ne soit pas la dernière impliquant un coronavirus, chaque découverte concernant un nouveau virus de ce type peut avoir son importance. Une équipe internationale a récemment identifié un candidat sérieux, chez des chauves-souris en Afrique : le CcCoV-KY43.

Théoriquement capable de franchir la « barrière interespèce »

Après la pandémie mondiale de Covid-19 (SARS-CoV-2), ses confinements, sa gestion discutable, ses impacts et ses dérives, personne ne souhaite réellement entendre à nouveau parler de coronavirus. Pourtant, de nombreux chercheurs et organisations internationales estiment qu’il existe une probabilité d’environ 38 à 50% qu’une nouvelle pandémie d’une ampleur similaire survienne au cours des 25 prochaines années (ou de notre vivant). Or, il est tout à fait possible qu’au cœur de cette nouvelle pandémie, se situe un coronavirus.

Précisons que quelques coronavirus sont responsables des rhumes hivernaux, comme le HKU1 ou le HCoV-229E et outre le SARS-CoV-2, le SRAS et le MERS ont respectivement en 2003 et en 2010 causé des épidémies non négligeables. Cependant, ces virus dans l’écrasante majorité de ne circulent qu’entre animaux et ne franchissent pas la barrière les séparant des humains (barrière interespèce). En revanche, il est tout à fait possible de découvrir des candidats sérieux à ce franchissement.

Des biologistes, infectiologues et pathologistes britannique et kényans ont publié une étude dans la revue Nature le 22 avril 2026 à propos d’un virus baptisé CcCoV-KY43 circulant en Afrique. Il s’agit d’un alpha coronavirus, un des quatre sous-groupes de la famille. Selon les chercheurs, l’agent est théoriquement capable de se transmettre aux humains mais n’a encore infecté personne. Par ailleurs, les scientifiques estiment que d’une manière générale, la communauté médicale a sous-estimé le potentiel infectieux des alphacoronavirus.

Une compatibilité avec un récepteur humain

Parmi 27 alphacoronavirus isolés chez des chauve-souris africaines, les chercheurs en ont donc découvert un qui pourrait être compatible avec les humains. Le fameux CcCoV-KY43 est transporté par l’espèce de chauve-souris Nez-en-cœur (Cardioderma cor), très présente en Afrique de l’Est, notamment dans des pays tels que le Kenya, le Soudan et la Tanzanie.

Selon les experts, les protéines spike du virus – se fixant sur les cellules hôtes avec plus ou moins d’efficacité – présenteraient une compatibilité importante avec le récepteur humain CEACAM6. Il s’agit d’une protéine se trouvant à la surface des cellules humaines, notamment dans les poumons et le système digestif, jouant un rôle majeur dans l’adhésion cellulaire et la communication entre les cellules elles-mêmes.

« La surexpression de la protéine CEACAM6 humaine, largement exprimée dans le poumon humain, a conféré une permissivité à des cellules humaines normalement réfractaires. », peut-on lire dans l’étude.

Crédit : Nik Borrow / Flickr

Une chauve-souris Nez-en-cœur (Cardioderma cor).

Une surveillance du virus à mettre en place

Selon les enquêtes de terrain auprès des populations vivant près des chauves-souris concernées, il n’y a pour l’instant aucune raison de s’inquiéter de voir apparaitre une nouvelle épidémie. Le virus ne représente en effet aucun danger sérieux. Néanmoins, l’affaire ne s’arrête évidemment pas là car une surveillance du CcCoV-KY43 devrait se mettre en place dans toute l’Afrique de l’Est. Il faut dire qu’avant la parution de l’étude, personne n’avait connaissance de cette affinité entre les protéines spike du virus et le récepteur humain CEACAM6.

Enfin, cette découverte préoccupe car les alphacoronavirus ont été très peu étudiés. Jusqu’à aujourd’hui, seuls deux de ces agents ont été caractérisés pour l’ensemble du sous-groupe. Ceci prouve par ailleurs que ces virus évoluent en grande majorité loin des humains, hors de toute considération sérieuse en termes de risque zoonotique – infection transmise aux humains par des animaux.