Le programme de suivi de la COVID-19 à travers les eaux usées mis en place au Québec pendant la pandémie permet d’avoir un portrait global de l’évolution d’un virus et est « prometteur » pour détecter d’autres tendances épidémiques, conclut une étude de l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ).

En mars 2022, le ministère de la Santé et des Services sociaux avait confié à l’INSPQ le mandat de mettre en place un programme de surveillance du virus causant la maladie, le SRAS-CoV-2, présent dans les selles, à partir des eaux usées de la province. Ce programme a été déployé au moyen de 19 sites d’échantillonnage répartis dans 14 villes.

Un an après sa mise en place, des chercheurs de l’INSPQ ont évalué son efficacité. Les résultats de cette analyse ont été publiés le 27 novembre dernier dans le International Journal of Environmental Health Research.

« Le point majeur » de l’étude est que la surveillance des eaux usées permet d’obtenir « des données complémentaires aux données cliniques, parce que ce n’est pas tout à fait la même information », explique la D^re Caroline Huot, médecin spécialiste en santé publique et médecine préventive à l’INSPQ, l’une des auteures de l’étude.

En effet, les données des eaux usées sont des données collectives qui englobent « les charges virales de toute une population mises ensemble », alors que les données cliniques, notamment les tests PCR (par prélèvement nasal) sont des données individuelles.

Ainsi, la surveillance des eaux usées permettait d’avoir un portrait des « tendances de l’épidémie de la COVID-19 dans la population », et les données « arrivaient parfois à démontrer une augmentation de la transmission dans la population un peu avant les données cliniques », explique la médecin spécialiste.

Les personnes infectées par la COVID-19 pouvaient notamment être asymptomatiques et, vers la fin de la pandémie, la population se faisait de moins en moins dépister, évoque la D^re Huot. À ce moment-là, la surveillance des eaux usées s’est révélée être d’une grande pertinence pour continuer d’évaluer la transmission du virus alors que moins de données cliniques étaient disponibles.

L’un des points négatifs de ce type de collecte de données est l’influence des facteurs environnementaux, comme la température ou les autres composants retrouvés dans les eaux usées. « Il y a quand même une variabilité de la donnée qui est plus importante que celle au niveau clinique », insiste la D^re Huot.

Pistes futures

Les résultats concluants de ce programme présentent un potentiel d’expansion pour le futur. « C’est une méthode vraiment intéressante et prometteuse d’avenir pour la santé publique, pour pouvoir suivre d’autres cibles, éventuellement » affirme la D^re Huot.

À travers les eaux usées, les scientifiques peuvent suivre « une panoplie de cibles, de pathogènes », et même « des composés chimiques » comme des substances psychoactives. D’ailleurs, la médecin spécialiste explique que le gouvernement fédéral analyse l’activité virale de l’influenza dans les eaux usées de la population. La rougeole pourrait également être suivie de près de cette façon, dit la D^re Huot.

Elle précise qu’un projet pilote québécois est en cours pour évaluer la pertinence de la surveillance des eaux usées dans le cas du « Candida auris, qui est un champignon qui se propage en milieu hospitalier ». Celui-ci est surtout très présent aux États-Unis.