Prendre un complément de probiotiques - ces fameuses bactéries vivantes (lactobacilles et bifidobactéries la plupart du temps) censées rééquilibrer le microbiote intestinal - est depuis quelques années un geste que de nombreux adeptes de la santé naturelle font au quotidien. Mais ces souches bactériennes sont-elles vraiment efficaces pour préserver notre santé ? Rien n'est moins sûr, à en croire une vaste étude publiée ces jours-ci dans la revue Cell Host & Microbe.

Les auteurs, des scientifiques de l'Université de Cambridge en Grande-Bretagne, viennent d'identifier un groupe de bactéries, inconnues jusqu'à aujourd'hui, dont la présence dans l'intestin semble systématiquement associée à une bonne santé.  

Plus de 10 000 volontaires de 39 pays

Pour le mettre en évidence, ils ont utilisé l'Unified Human Gastrointestinal Genome catalog (catalogue unifié du génome gastro-intestinal humain) qui référence l'ensemble des génomes du microbiote humain. Celui-ci avait permis d'identifier 4 600 espèces bactériennes différentes, parmi lesquelles 3 000 - soit environ 2/3 - n'avaient jamais été observées auparavant dans l'intestin (on parle de « microbiote caché »). Jusqu'à présent, personne ne connaissait la fonction de ces micro-organismes inconnus.

Les auteurs de la nouvelle étude ont recueilli les selles de 11 115 personnes provenant de 39 pays d'Europe, d'Asie et d'Amérique du Nord. Une partie des volontaires étaient en bonne santé et l'autre souffrait de différentes pathologies, comme la maladie de Crohn, le cancer colorectal, la maladie de Parkinson, la sclérose en plaques, l'obésité ou la fatigue chronique (13 problèmes de santé en tout). Ils ont ensuite analysé le génome de l'ensemble des micro-organismes présents dans les selles et constituant le fameux « microbiote ».

En prélevant et analysant les selles de plus de 11 000 personnes, les chercheurs de Cambridge sont parvenus à identifier un groupe de bactéries jusque-là inconnues, mais qui semblent pourtant jouer un rôle essentiel dans la santé. © Cell Host & Microbe, 2026

Des bactéries « cachées » fortement liées à la santé

En comparant chaque échantillon au catalogue Unified Human Gastrointestinal Genome, les auteurs de la nouvelle étude ont d'abord remarqué que certaines bactéries, regroupées sous le nom de CAG-170, constituaient la partie du « microbiote caché » la plus étroitement liée à une bonne santé, et ce dans tous les pays.

Afin de déterminer quelles espèces avaient le plus fort potentiel pour maintenir l'équilibre de l'écosystème intestinal, ils ont analysé en détail la composition du microbiote intestinal de 6 000 volontaires en bonne santé. Résultat : parmi toutes les bactéries du « microbiote caché », celles du groupe CAG-170 étaient à nouveau les plus systématiquement associées à la santé.

Ils se sont enfin intéressés à la composition du microbiote intestinal des volontaires souffrant de « dysbiose », c'est-à-dire d'un déséquilibre du microbiote intestinal dont on sait aujourd'hui qu'il est en cause dans de nombreuses maladies, comme le syndrome du côlon irritable, la polyarthrite rhumatoïde, l'anxiété et la dépression. L'analyse des chercheurs montre que des niveaux plus faibles de bactéries CAG-170 dans l'intestin sont associés à un risque plus élevé de dysbiose.

Vers de nouveaux outils de diagnostic et de traitement

Comment expliquer le lien entre présence des bactéries CAG-170 et bonne santé ? Difficile à dire pour le moment. Selon les auteurs qui les ont analysées, celles-ci auraient la capacité à produire des niveaux élevés de vitamine B12 susceptibles de favoriser la prolifération d'autres espèces bactériennes bénéfiques.

Elles produiraient également des enzymes capables de dégrader un large éventail de composés alimentaires de l'intestin (glucides, sucres, fibres...) et donc d'améliorer l'extraction des nutriments et la production de métabolites bénéfiques, comme les acides gras à chaîne courte.

Quoi qu'il en soit, la découverte de ces bactéries CAG-170 ouvre des perspectives prometteuses. Selon les auteurs, elles pourraient par exemple servir de marqueur biologique pour évaluer l'état de santé du microbiote intestinal et même ouvrir la voie au développement de nouveaux probiotiques spécialement conçus pour soutenir et maintenir des niveaux adéquats de bactéries CAG-170 dans l'intestin.

« L'industrie des probiotiques n'a pas vraiment suivi le rythme des recherches sur le microbiote intestinal, estime Alexandre Almeida, chercheur au département de médecine vétérinaire de l'université de Cambridge, qui a dirigé ces travaux. Les gens utilisent toujours les mêmes espèces probiotiques qu'il y a plusieurs décennies. Nous découvrons aujourd'hui de nouveaux groupes de bactéries, comme le CAG-170, qui ont des liens importants avec notre santé, et les probiotiques destinés à les soutenir pourraient avoir des effets bénéfiques beaucoup plus importants sur la santé. »