Ouvrez n’importe quel manuel de biologie et la définition est formelle : une bactérie est un organisme microscopique. Pour les observer, il faut des lentilles puissantes, car elles sont invisibles à l’œil nu. C’est une règle immuable du vivant… ou du moins, ça l’était. Dans les eaux troubles d’une mangrove de Guadeloupe, des scientifiques ont identifié une créature qui pulvérise toutes les certitudes théoriques. Elle ressemble à un cil blanc, elle mesure près d’un centimètre, et c’est pourtant une seule et unique cellule bactérienne.

Une découverte qui a traîné dans un tiroir

L’histoire de Thiomargarita magnifica commence par une erreur d’étiquetage. En 2009, Olivier Gros, professeur de biologie marine à l’Université des Antilles, prélève des échantillons dans les sédiments d’un marais guadeloupéen. Il repère des filaments blancs bizarres, accrochés à des feuilles mortes en décomposition. « Quand je les ai vus, je me suis dit : “étrange” », raconte le chercheur.

Sur le moment, personne ne s’affole. Vu leur taille (environ un centimètre), ces filaments sont classés comme des champignons ou des eucaryotes (des organismes complexes). L’idée qu’il puisse s’agir de bactéries ne traverse l’esprit de personne, car c’est physiquement impossible selon les connaissances de l’époque. Il faudra attendre 2022 et des analyses génétiques poussées pour que le couperet tombe : ce ne sont pas des vers, ni des champignons. Ce sont des microbes géants.

Le « Mont Everest » de la microbiologie

Pour comprendre le choc qu’a représenté cette annonce, il faut saisir l’échelle. Une bactérie classique (comme E. coli) mesure environ 2 micromètres. Jusqu’à cette découverte, les scientifiques pensaient qu’il existait une limite physique indépassable pour une cellule unique, liée à sa capacité à diffuser les nutriments. Thiomargarita magnifica a balayé cette limite.

Jean-Marie Volland, co-auteur de l’étude qui a révélé son existence au monde, utilise une analogie vertigineuse : « Elle est 5 000 fois plus grosse que la plupart des bactéries. Pour vous donner une idée, ce serait comme si un humain rencontrait un autre humain aussi grand que le mont Everest. » C’est un monstre biologique, un « macro-microbe » qui défie la logique.

Crédit : JEAN-MARIE VOLLAND

Montage de microscopie optique de la moitié supérieure d’une cellule de Ca. T. magnifica, avec une partie basale brisée révélant une morphologie tubulaire due à la grande vacuole centrale et aux nombreux granules de soufre intracellulaires sphériques (un tardigrade est montré pour l’échelle).

Faut-il s’inquiéter de ce géant ?

L’idée d’une bactérie visible sans microscope a de quoi donner des frissons, surtout quand on sait que notre corps lutte quotidiennement contre des germes invisibles. Une bactérie de la taille d’une nouille pourrait-elle être un super-pathogène ? Heureusement, la réponse est non.

Thiomargarita magnifica est inoffensive pour l’Homme. C’est une bactérie sulfoxydante : elle se nourrit de soufre dans les sédiments pauvres en oxygène des mangroves. Elle joue d’ailleurs un rôle écologique crucial. Les mangroves sont des puits de carbone vitaux pour la planète (elles stockent 10 à 15 % du carbone côtier mondial tout en occupant moins de 1 % de la surface). En transformant le soufre et en fixant le carbone, cette bactérie géante participe à l’équilibre chimique de ces écosystèmes fragiles.

Une leçon d’humilité

Cette découverte nous rappelle que nous connaissons encore très mal le monde microbien. Si une bactérie de la taille d’un ongle a pu passer inaperçue pendant des décennies simplement parce que nous pensions qu’elle « ne pouvait pas être une bactérie », quelles autres anomalies se cachent dans les abysses ou les forêts tropicales ? La nature ne suit pas toujours les manuels scolaires. Parfois, elle décide de créer un microbe assez grand pour vous regarder dans les yeux.