La découverte récente de vingt-deux nouveaux virus chez des chauves-souris dans la province du Yunnan, en Chine, soulève une alerte sérieuse chez les chercheurs en santé publique et virologie. Parmi ces virus, deux se rapprochent génétiquement des dangereux henipavirus, responsables par le passé d’épidémies humaines meurtrières. Cette étude souligne l’urgence de mieux surveiller ces réservoirs naturels de maladies potentiellement transmissibles à l’homme et au bétail.

Des virus inédits à haut risque

Une équipe internationale de chercheurs a mené une analyse approfondie des tissus rénaux de 142 chauves-souris collectées entre 2017 et 2021 dans le Yunnan, région connue pour sa biodiversité riche et ses interactions fréquentes entre faune sauvage et populations humaines. Le séquençage génétique a permis d’identifier 22 virus jusqu’ici inconnus. Parmi eux, deux ont été baptisés « henipavirus 1 » et « henipavirus 2 » de la chauve-souris du Yunnan, et présentent une similitude génétique de 52 à 57 % avec des virus du même groupe déjà responsables d’épidémies dévastatrices, comme Hendra et Nipah.

Ces henipavirus sont particulièrement préoccupants car ils ont été détectés dans les reins des chauves-souris, un organe associé à la production d’urine. Cette localisation suggère une voie possible de transmission via les fluides corporels, notamment l’urine, qui pourrait contaminer l’environnement, les fruits ou l’eau consommés par les humains ou les animaux domestiques. Cette découverte augmente le risque d’émergence d’une nouvelle maladie zoonotique, c’est-à-dire une maladie transmissible de l’animal à l’homme.

Une région à risque élevé d’émergence

Le Yunnan, grâce à son climat et son environnement, ressemble à d’autres régions du monde où des virus dangereux ont déjà émergé, notamment en Malaisie, foyer historique des épidémies à Nipah. Cette similitude climatique et écologique fait du Yunnan un véritable « point chaud » pour la surveillance des agents pathogènes zoonotiques.

Le professeur Vinod Balasubramaniam, virologue moléculaire à l’Université Monash en Australie, insiste sur la nécessité de renforcer la surveillance et les mesures préventives dans cette région : « Ces virus sont particulièrement préoccupants car ils pourraient contaminer les humains via des fruits ou de l’eau souillés par l’urine des chauves-souris. La vigilance est indispensable pour éviter une nouvelle crise sanitaire. »

Au-delà des virus : des bactéries et un parasite inconnus

La recherche ne s’est pas limitée aux seuls virus. Elle a également permis d’identifier deux nouvelles espèces bactériennes, dont une baptisée Flavobacterium yunnanensis, ainsi qu’un parasite unicellulaire jusqu’ici inconnu, nommé Klossiella yunnanensis. Ces découvertes élargissent notre compréhension de la biodiversité microbienne hébergée par les chauves-souris et des menaces potentielles qu’elle représente.

Ce focus sur les organes internes, en particulier les reins, est une approche nouvelle dans l’étude des maladies émergentes. Jusqu’ici, la majorité des recherches se concentraient sur les excréments ou la salive des chauves-souris, négligeant les tissus qui pourraient receler d’autres agents pathogènes. Cette étude suggère donc que les tissus internes sous-étudiés pourraient être des réservoirs importants pour des micro-organismes infectieux encore inconnus.

Micrographie électronique à transmission colorisée d’une particule extracellulaire mature du virus Nipah (violet) près de la périphérie d’une cellule VERO infectée (marron). Image prise et retouchée au Centre de recherche intégrée du NIAID à Fort Detrick. Crédits : NIAID

Pourquoi s’inquiéter des virus de chauves-souris ?

Les chauves-souris sont des hôtes naturels pour de nombreux virus dangereux. Elles ont été impliquées dans l’émergence de plusieurs maladies virales majeures affectant l’homme, telles que le virus Ebola, le virus Marburg, le SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère), le MERS (Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient), et plus récemment la COVID-19. La particularité de ces animaux est qu’ils peuvent héberger ces virus sans en être malades, leur système immunitaire étant particulièrement adapté.

Le risque vient de la transmission de ces virus à d’autres animaux, puis éventuellement aux humains, souvent via des contacts directs ou indirects (aliments, eau contaminés). Cette « transmission zoonotique » est à l’origine de nombreuses pandémies. Mieux comprendre quels virus circulent chez les chauves-souris, et comment ils peuvent contaminer d’autres espèces, est donc un enjeu crucial de santé mondiale.

Une vigilance indispensable pour prévenir la prochaine épidémie

Cette découverte souligne l’importance de renforcer la surveillance écologique et sanitaire dans les zones où les humains et la faune sauvage cohabitent étroitement. Les risques de transmission sont d’autant plus élevés dans des zones rurales où les chauves-souris nichent à proximité des villages et des vergers.

En conjuguant séquençage génétique, écologie et surveillance sanitaire, les chercheurs espèrent identifier précocement les agents pathogènes susceptibles de déclencher la prochaine crise sanitaire mondiale. Cela permettra d’anticiper les mesures de prévention, notamment en contrôlant la contamination des aliments et de l’eau, afin d’éviter que ces nouveaux virus ne franchissent la barrière inter-espèces.

En résumé, la découverte de ces nouveaux virus chez les chauves-souris du Yunnan est un signal d’alarme clair. Le risque d’émergence d’une maladie infectieuse grave, transmissible à l’homme ou au bétail, est réel. Pour limiter ce danger, une collaboration internationale en sciences, santé publique et écologie est plus que jamais nécessaire.