Notre santé dépend autant de ce que nous mangeons que de la manière dont nos aliments sont produits. De récentes recherches montrent ainsi combien les microbes du sol, des plantes et de notre intestin sont étroitement liés. Une réalité qui invite à repenser en profondeur nos systèmes agricole et alimentaire.

Plus de 2 milliards d'humains sont touchés par des maladies chroniques liées à l'alimentation : diabète, maladies cardiovasculaires, cancers ou maladies neurodégénératives. En France, 14,2 millions de personnes étaient prises en charge au titre d'une affection de longue durée, soit environ 21 % de la population française en 2022.

Une santé dégradée, des crises liées

En outre, ces pathologies progressent, y compris chez les moins de 45 ans. Contrairement à une idée répandue, la génétique n'explique qu'environ 20 % de ces maladies. L'environnement, et en particulier l'alimentation, joue en revanche souvent un rôle déterminant.

Dans le même temps, notre alimentation exerce une pression considérable sur l'environnement. Elle est responsable d'environ 22 % des émissions de gaz à effet de serre, d'une grande partie des émissions d'azote réactif, notamment les nitrates et l'ammoniac, et elle constitue la première cause de perte de biodiversité terrestre. Les sols agricoles, quant à eux, sont souvent dégradés, appauvris en matière organique et en vie biologique.

Microbiotes. © Michel Duru

Ces crises, sanitaire et écologique, sont généralement traitées séparément. Mais si elles étaient en réalité les différentes facettes d'un même problème ? C'est précisément l'idée portée par l'approche « One Health » (« Une seule santé »), qui repose sur un principe simple : la santé humaine dépend de celle des animaux et des écosystèmes. Au cœur de cette approche, se trouvent les microbiotes, ces communautés de microorganismes, bactéries, champignons, virus, qui vivent dans tous les milieux.

Le microbiote, un acteur clé dans notre intestin

Notre intestin abrite des milliards de microorganismes. Ce microbiote joue un rôle essentiel dans la digestion, la production de vitamines, la régulation du système immunitaire et le contrôle de l'inflammation. Lorsqu'il est déséquilibré (on parle de « dysbiose »), le risque de maladies augmente.

De nombreuses études établissent aujourd'hui des liens entre microbiote déséquilibré et maladies chroniques : obésité, diabète, maladies inflammatoires, voire troubles neurologiques. Ce microbiote est fortement influencé par notre environnement, et notamment par notre alimentation. Ce que nous mangeons façonne sa composition et ses fonctions.

Du sol à l’intestin : une continuité du vivant au travers des microbiotes

Dans les sols agricoles, le vivant comprend la macrofaune (les vers de terre), la mésofaune (les acariens), la microfaune (les nématodes, des minuscules vers ronds) et les microorganismes, comme les champignons et les bactéries qui constituent le microbiote. Tous jouent un rôle fondamental. Un gramme de sol peut contenir jusqu'à 10 milliards de microorganismes. Cette biodiversité invisible assure des fonctions essentielles : fertilité des sols, nutrition et régulation des maladies des plantes.

Les plantes interagissent en permanence avec les microbes, notamment au niveau des racines. Ces interactions influencent la composition nutritionnelle des aliments, mais aussi leur richesse microbienne. Des aliments issus de systèmes agricoles favorisant la biodiversité microbienne présentent une plus grande diversité bactérienne et une meilleure densité nutritionnelle. Autrement dit, la santé humaine commence dans le sol, bien avant l'assiette.

Des sols pauvres en biodiversité

Mais au cours de la seconde moitié du XXᵉ siècle, la santé des sols s'est dégradée du fait de la diminution des apports de matières organiques et de labours profonds. De manière concomitante, la forte réduction du nombre d'espèces et de variétés cultivées ainsi que la simplification des paysages agricoles ont nécessité une utilisation élevée en engrais et pesticides de synthèse rendant la santé des plantes dépendante de ces intrants.

Lire l'article

En effet, ces pratiques ont entrainé la perte des régulations biologiques qui permettaient de lutter contre les bioagresseurs, autrement dit les « nuisibles » des cultures, et ont perturbé les microbiotes du sol, réduisant leur diversité et affaiblissant leur capacité à réguler naturellement les maladies et à fournir des nutriments.

Une alimentation qui appauvrit le microbiote

À l'autre bout de la chaine agroalimentaire, on constate également que dans les pays occidentaux, les produits ultratransformés représentent aujourd'hui environ 35 % des apports caloriques, voire davantage chez les jeunes. Ces aliments sont souvent pauvres en fibres, riches en sucres, graisses et additifs, et appauvris en micronutriments.

Or, les fibres alimentaires sont essentielles pour nourrir le microbiote intestinal. En France, la consommation moyenne est d'environ 20 grammes par jour, contre 30 grammes recommandés. À cela s'ajoute un déficit en nutriments clés : près de 90 % de la population manque d'oméga-3, pourtant essentiels pour réguler l'inflammation.

Une alimentation qui perturbe le microbiote

Au-delà des carences, certains composants de notre alimentation peuvent perturber directement le microbiote.

L'exposition aux pesticides, notamment à travers l'alimentation, peut altérer la composition des bactéries intestinales. Les additifs alimentaires, en particulier les émulsifiants et certains édulcorants, peuvent aussi réduire la diversité bactérienne, fragiliser la barrière intestinale et favoriser l'inflammation chronique.

Par ailleurs, une consommation excessive de viande issue d'élevages intensifs peut accentuer ces déséquilibres. Ces produits sont souvent plus riches en acides gras pro-inflammatoires (oméga-6) et plus pauvres en oméga-3. Une alimentation trop riche en protéines animales et pauvre en fibres favorise le développement de bactéries produisant des métabolites potentiellement délétères, au détriment de celles qui génèrent des composés protecteurs, comme les acides gras à chaîne courte.

L'effet combiné de ces facteurs contribue à appauvrir le microbiote intestinal et à altérer ses fonctions, renforçant le lien entre alimentation moderne et maladies chroniques.

Un cercle vicieux entre alimentation et agriculture

Un cercle vicieux s'installe ainsi entre systèmes agricoles simplifiés, aliments appauvris et dégradation des microbiotes. D'un côté, l'agro-industrie, du fait de sa logique économique fondée sur la réduction des coûts à travers les économies d'échelle, tend à soutenir une agriculture spécialisée intensive pour fabriquer des aliments ultratransformés. Elle reste ainsi peu réceptive aux pratiques agricoles durables comme la diversification des cultures, l'introduction de légumineuses ou les associations culturales, pourtant bénéfiques pour la vie des sols. D'un autre côté, ces produits, largement promus par un marketing agressif, orientent les choix alimentaires et encouragent leur consommation.

D'autre part, les élevages intensifs, sans lien au sol car dépendant beaucoup de soja importé, contribuent fortement à la déforestation, aux déséquilibres des cycles de l'azote et à l'appauvrissement de la biodiversité en France et aux Amériques.

Face à ces constats, des alternatives existent.

Restaurer des sols vivants

Du côté de l'agriculture, il s'agit de restaurer des sols vivants, capables de fonctionner comme des écosystèmes. Cela passe par la diversification des cultures, la réduction des intrants chimiques, l'apport de matière organique ainsi que la réduction du travail du sol.

Ces pratiques, souvent regroupées sous le terme d'« agroécologie », s'appuient sur les processus naturels plutôt que de les remplacer. On parle aussi d'« agriculture régénératrice » où le travail du sol ainsi que les pesticides tendent de plus en plus à n'être utilisés qu'en dernier recours.

Repenser l’élevage

En élevage, l'enjeu est de reconnecter les animaux aux territoires. Les systèmes herbagers permettent de valoriser les prairies, de stocker du carbone et de produire des aliments plus riches en oméga-3. Pour les élevages de porcs et de volailles, une meilleure intégration avec les cultures et l'utilisation de ressources locales, comme le lin, permettent de réduire les impacts environnementaux et d'améliorer la qualité nutritionnelle des produits.

La question n'est donc pas seulement « quelle quantité de viande consommer ? » (environ 400 grammes par semaine au lieu de près de 900 en France), mais « quelle viande, et issue de quels systèmes ? ».

Vers une vision intégrée de la santé

Ces évolutions invitent à repenser la santé comme un enjeu systémique. L'approche « One Health » propose de considérer la santé comme une propriété émergente d'un système global reliant humains, animaux et écosystèmes.

Certaines pistes illustrent cette convergence. Le développement des légumineuses, par exemple, permet de réduire les émissions de gaz à effet de serre et la dépendance aux engrais azotés, tout en apportant des fibres bénéfiques pour la santé. De même, des produits animaux issus de systèmes herbagers ou enrichis en oméga-3 peuvent contribuer à moduler l'inflammation chronique à bas bruit. Par ailleurs, certains composants alimentaires, comme les fibres ou certaines algues, peuvent limiter l'absorption de certains toxiques et favoriser leur élimination. Le microbiote intestinal joue un rôle central dans ces processus : certaines bactéries peuvent transformer des composés indésirables, moduler leur absorption et renforcer la barrière intestinale.

Longtemps, la santé a été envisagée comme une affaire strictement individuelle. Les avancées scientifiques récentes montrent, au contraire, qu'elle dépend étroitement du vivant qui nous entoure - et de celui qui vit en nous. Prendre soin de notre santé implique donc aussi de prendre soin des sols, des plantes et des écosystèmes.