En extrayant de l’ADN du tartre dentaire d’un crâne chinois de plus de 146 000 ans, des généticiens ont identifié l’humain auquel il appartenait : un Dénisovien. Deux études publiées le 18 juin 2025, l’une dans Cell, l’autre dans Science, arrivent à la même conclusion par deux voies différentes. Le fossile, un crâne presque complet venu du nord-est de la Chine, avait pourtant reçu en 2021 un tout autre statut.

Pour la première fois, ce peuple disparu a une tête.

Ni dans la dent, ni dans l’os : le tartre a parlé

L’équipe de Qiaomei Fu, de l’Institut de paléontologie des vertébrés et de paléoanthropologie de Pékin, a d’abord tenté la voie classique. Elle a cherché à extraire de l’ADN du crâne et d’une dent, sans succès. Restait le tartre, cette croûte minérale accrochée aux dents, que les chercheurs ont traitée à l’eau de Javel pour éliminer les contaminations modernes. Deux échantillons de 0,5 et 0,3 milligramme ont fourni 3 665 et 2 047 fragments uniques correspondant à des génomes mitochondriaux humains.

L’ADN mitochondrial se place dans la variation connue chez les Dénisoviens et se rattache à une branche portée par les premiers individus dénisoviens du sud de la Sibérie, déjà observée dans la grotte de Denisova. Un lien génétique entre le nord-est de la Chine et un massif sibérien : les auteurs en déduisent que les Dénisoviens occupaient une vaste zone d’Asie au Pléistocène moyen.

Le choix du tartre n’a rien d’un hasard. Plus dur et moins poreux que l’os, il protège mieux le matériel génétique, et c’est la première fois qu’on en tire de l’ADN de cette manière sur un fossile de cette période. Un matériau que les dentistes grattent sans y penser devient une archive de plus de 146 000 ans.

Les protéines confirment ce que l’ADN suggère

Dans Science, les chercheurs rapportent 95 protéines endogènes retrouvées dans le crâne. L’individu porte 3 variants d’acides aminés d’origine dénisovienne et se regroupe avec Denisova 3, ce qui désigne une population dénisovienne.

Le « Dragon Man » de 2021 change donc d’étiquette.

À l’époque, cinq chercheurs chinois avaient proposé d’y voir une espèce inconnue, baptisée Homo longi, d’après la région du fleuve Long Jiang, le « fleuve du Dragon ». Les protéines ont tranché autrement. Les équipes ont identifié 20 455 peptides, soit les données de protéome hominine ancienne de meilleure qualité à ce jour. Pour les 95 protéines, la couverture en peptides est 11 fois supérieure à celle des analyses de fossiles de la même époque. Les protéines résistent aux millénaires mieux que l’ADN, ce qui permet de lire des variants là où le génome s’est effacé.

Un visage pour un peuple de fragments

Depuis leur identification par l’ADN ancien en 2010, les Dénisoviens étaient un fantôme génétique. On les connaissait surtout par des génomes ou des protéines, et la nature fragmentaire des fossiles laissait leur morphologie dans le flou. La mandibule de Xiahe, par exemple, avait été rattachée à ce groupe par l’analyse de ses protéines.

Le crâne de Harbin comble ce vide avec une tête presque entière.

Selon la synthèse disponible, le crâne est bas et long, avec des arcades sourcilières massives, de larges orbites et une grande bouche. La face est plutôt plate, comme chez les humains modernes, mais avec un nez plus grand. Les molaires, elles, étaient plus volumineuses que les nôtres. Un portrait qui s’éloigne autant des Néandertaliens que de nous.

Les auteurs y voient un outil de tri. Les fossiles de Dali, de Jinniushan et de Hualongdong partagent des traits avec le crâne de Harbin, ce qui rend plausible qu’ils représentent aussi des populations dénisoviennes. Plausible, pas démontré : seule une analyse moléculaire pourrait le confirmer.

Des limites subsistent. L’ADN mitochondrial ne retrace qu’une seule lignée, celle de la mère, et ne dit rien de l’ascendance globale de l’individu. La date de 146 000 ans est elle-même un minimum. L’humain de Harbin était bien un Dénisovien, mais son génome nucléaire reste à écrire.

Sources : pubmed.ncbi.nlm.nih.gov | tagteam.harvard.edu | cell.com