Un litre d’eau de mer au large de n’importe quelle côte française. Ouvrez-le. Vous y trouverez entre 10 millions et 10 milliards de virus. Ramenez ça à une simple goutte, soit environ un millilitre : c’est un million d’organismes invisibles qui s’y agitent. Chaque été, des millions de Français avalent la tasse sans y penser. Ce qu’ils ingèrent n’est pas de l’eau salée avec du sable en suspension. C’est un bouillon d’une complexité proprement vertigineuse.

Sommaire

1. Un million par goutte, des milliards par litre
2. Des virus qui font tourner la planète
3. La tasse avalée : faut-il vraiment s’inquiéter ?
4. Ce que l’Arctique nous dit du futur

Un million par goutte, des milliards par litre

Un litre d’eau de mer contient entre 10 millions et 10 milliards de virus. Mais les virus ne sont qu’une partie du tableau. Une seule goutte d’eau de mer peut contenir des millions de microbes marins, toutes catégories confondues : bactéries, archées, microalgues, protistes, champignons. La vie invisible y est à la fois omniprésente et extraordinairement diverse. Rapporté à l’ensemble des océans, le calcul donne le vertige : on estime à 4 x 10³⁰ le nombre de virus présents dans les océans, soit environ la moitié des virus présents sur la Terre, et à 10²³ le nombre d’infections survenant chaque seconde. Pour fixer les idées, 10³¹ particules virales, c’est plus que le nombre total d’étoiles dans l’univers observable.

Ce que la science a mis des décennies à mesurer, le virologue marin Curtis Suttle de l’université de Colombie-Britannique l’a publié dans Nature en 2005, fondant ainsi un champ de recherche entier. Avant lui, on sous-estimait colossalement la densité de la vie microbienne marine. Les outils manquaient. L’écologie virale a subi une transformation à la fin des années 1980, quand il est apparu que les abondances virales, estimées par des méthodes indépendantes de la culture, étaient bien plus élevées que ce qu’on imaginait. L’invisible était là depuis toujours. On ne savait simplement pas regarder.

L’expédition Tara Oceans, goélette scientifique qui a parcouru 140 000 kilomètres entre 2009 et 2013, a enfoncé le clou. Ces travaux, impliquant des équipes du CEA, du CNRS, de l’EMBL, de l’ENS-PSL et de la Fondation Tara Oceans, ont permis de porter le nombre de populations virales océaniques connues de 16 000 à près de 200 000. Selon Chris Bowler, les océans pourraient en contenir jusqu’à un milliard. Un milliard d’espèces de virus. Dans la même eau où vous faites la planche.

Des virus qui font tourner la planète

Reflex naturel : la peur. Pourtant, ces virus ne sont pas une menace. Ils sont un rouage de la machine planétaire. La virologie marine a mis du temps à faire passer ce message, coincée entre les grandes épidémies qui monopolisent l’attention du public. La vision que nous avons des virus reste très anthropocentrée. Les virologistes écologues craignent de n’avoir pas réussi à faire passer le message pourtant simple : les virus, qui infectent absolument toutes formes de vie, sont essentiels au fonctionnement de la vie elle-même.

Leur premier rôle est de réguler. On estime qu’ils détruisent chaque jour en moyenne 20 à 40 % des organismes de la vie microscopique marine présente à la surface des eaux. Ça paraît brutal. C’est en réalité l’équivalent d’une purge sanitaire permanente : sans ce prélèvement quotidien, certaines espèces prolifèreraient jusqu’à étouffer les autres, comme une forêt colonisée par une seule essence. Ces virus sont une force directrice majeure pour l’évolution et la structuration du monde microbien, mais aussi pour le fonctionnement des grands cycles biogéochimiques dans les écosystèmes marins.

Leur deuxième rôle touche à quelque chose de plus direct pour nous : l’air que nous respirons. Le phytoplancton océanique produit environ 50 % de l’oxygène que nous respirons. Les virus, en recyclant les nutriments qui alimentent ce phytoplancton, sont un maillon invisible mais critique de la production d’oxygène terrestre. Plus surprenant encore : en 2003, des chercheurs ont découvert que certains virus de cyanobactéries portent des gènes de photosynthèse, et les activent pendant l’infection pour maintenir la cellule en vie le temps de se répliquer. Le virus fait de la photosynthèse à travers son hôte. Une frontière entre parasite et collaborateur qui s’efface complètement.

La tasse avalée : faut-il vraiment s’inquiéter ?

Revenons à la plage. La question qui gratte : avaler un million de virus par goutte, est-ce dangereux ? Pour l’écrasante majorité des virus marins, la réponse est non. Ils ne sont pas adaptés à l’organisme humain, n’ont ni la clé ni la serrure pour infecter nos cellules. Les concentrations bactériennes restent inférieures aux seuils à risque sur 97,6 % des plages de l’Union européenne, et il y a donc peu de risque d’attraper une infection gastro-intestinale en nageant, à moins de braver un arrêté local d’interdiction de baignade.

Les exceptions existent, et elles méritent attention. On trouve dans l’océan des virus issus des humains, comme le norovirus et le sapovirus qui causent des gastro-entérites, qui peuvent être retrouvés dans certaines espèces marines comme les coquillages bivalves filtreurs et poser des problèmes sanitaires. La contamination fécale, souvent liée aux rejets d’eaux usées ou aux fortes pluies, est le vrai signal d’alarme. Les chercheurs ont constaté que les virus mettent plus de temps que les bactéries pour revenir à une concentration acceptable après de fortes pluies. C’est précisément après un orage estival que le risque grimpe, quand les baigneurs sont paradoxalement les plus nombreux à se précipiter à l’eau.

Contrairement aux bactéries comme l’entérocoque intestinal et Escherichia coli, aucune limite n’est définie pour les virus par la législation européenne sur les eaux de baignade. Un angle mort réglementaire que les scientifiques du projet VIROBATHE, regroupant seize organismes de recherche européens, ont documenté avec insistance. La surveillance existe pour les bactéries. Pour les virus, on en est encore à définir les méthodes de détection fiables. Ce retard normatif dit quelque chose d’assez révélateur sur notre rapport à l’invisible : on régule ce qu’on voit, ou plutôt ce qu’on a appris à compter.

Ce que l’Arctique nous dit du futur

Un détail de l’expédition Tara a surpris les scientifiques eux-mêmes : les eaux froides de l’océan arctique contiennent plus de virus que les océans tempérés ou tropicaux. L’intuition voudrait l’inverse, les tropiques étant synonymes de foisonnement. Or c’est là, dans ces eaux que le changement climatique réchauffe à une vitesse inégalée, que se concentre la plus grande diversité virale connue. Le changement climatique va clairement modifier cela, alertait Chris Bowler, coordinateur scientifique de l’expédition. Modifier comment, exactement ? C’est la question ouverte que la virologie marine tente de résoudre, consciente que perturber cet écosystème microbien pourrait dérégler des cycles planétaires bien au-delà des plages où l’on avale la tasse.

Sources : fr.quora.com | notre-planete.info