Alors que la transplantation de microbiote fécal, ou « greffe de selles », validée il y a une dizaine d’années relève désormais du soin courant en France dans l’infection récidivante à la bactérie Clostridioides difficile, tous les donneurs de selles sont les bienvenus. Pour répondre à la demande dans cette indication médicale mais aussi pour faire avancer la recherche.

En partenariat avec Destination Santé - Aujourd'hui à 07:00 - Temps de lecture :

  • La transplantation de microbiote fécal (TMF) est un véritable traitement médical, autorisé et validé dans le monde et en France qui vise à rétablir l’équilibre d’un microbiote intestinal déséquilibré (on parle de dysbiose). Elle consiste à administrer au patient une préparation réalisée à partir des selles le plus souvent congelées d’un donneur en bonne santé (par lavement, par sonde, par capsule, par coloscopie…).Photo Adobe Stock

    La transplantation de microbiote fécal (TMF) est un véritable traitement médical, autorisé et validé dans le monde et en France qui vise à rétablir l’équilibre d’un microbiote intestinal déséquilibré (on parle de dysbiose). Elle consiste à administrer au patient une préparation réalisée à partir des selles le plus souvent congelées d’un donneur en bonne santé (par lavement, par sonde, par capsule, par coloscopie…).

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  • elle relève de la législation sur les médicaments et son utilisation est encadrée par l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM).Photo Adobe Stock

    Cette préparation est donc considérée comme un produit thérapeutique : elle relève de la législation sur les médicaments et son utilisation est encadrée par l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM).

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  • L’infection à C. difficile touche environ 120 000 personnes en Europe et provoque plus de 4 000 décès. Depuis 2014, la TMF est recommandée à partir de deux récidives. Elle a récemment été étendue dès la première récidive chez les patients à risque de complications, ainsi qu’aux formes sévères non contrôlées.Photo Adobe Stock

    L’infection à C. difficile touche environ 120 000 personnes en Europe et provoque plus de 4 000 décès. Depuis 2014, la TMF est recommandée à partir de deux récidives. Elle a récemment été étendue dès la première récidive chez les patients à risque de complications, ainsi qu’aux formes sévères non contrôlées.

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La transplantation de microbiote fécal (TMF) est un véritable traitement médical, autorisé et validé dans le monde et en France qui vise à rétablir l’équilibre d’un microbiote intestinal déséquilibré (on parle de dysbiose). Elle consiste à administrer au patient une préparation réalisée à partir des selles le plus souvent congelées d’un donneur en bonne santé (par lavement, par sonde, par capsule, par coloscopie…).

Cette préparation est donc considérée comme un produit thérapeutique : elle relève de la législation sur les médicaments et son utilisation est encadrée par l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM).

Une unique indication autorisée

L’infection à C. difficile touche environ 120 000 personnes en Europe et provoque plus de 4 000 décès. Depuis 2014, la TMF est recommandée à partir de deux récidives. Elle a récemment été étendue dès la première récidive chez les patients à risque de complications, ainsi qu’aux formes sévères non contrôlées. Son objectif est de restaurer le microbiote intestinal du malade pour empêcher de nouvelles infections, potentiellement fatales. Et c’est très efficace : la TMF prévient 80 à 90 % des récidives d’infection à C. difficile, un taux bien supérieur à celui des antibiotiques.

Pourtant, elle est sous-utilisée en France, comme l’a montré début 2026 une étude menée par la Dre Colline Brasseur (Hospices civils de Lyon), ce qui expose les patients éligibles à un surrisque de récidives et de décès liés à l’infection à C. difficile. Une réelle perte de chance.

La recherche avance

La TMF est coordonnée par le Groupe français de transplantation fécale (GFTF), un dispositif bien structuré à l’échelle nationale, avec plusieurs banques de selles, en mesure de répondre à la demande actuelle qui concerne environ 10 % des infections à C. difficile.

En parallèle, la recherche française et internationale se poursuit. La TMF est étudiée dans certaines complications des greffes de moelle osseuse, la maladie de Crohn légère, le syndrome de l’intestin irritable ou encore en cancérologie, où des données de plus en plus consistantes montrent que modifier le microbiote peut améliorer la réponse à l’immunothérapie. Mais pour continuer la recherche, on a besoin de donneurs de selles et notamment dans le cadre du French GUT. Ce projet de recherche français à vocation internationale vise 100 000 participants volontaires parmi la population française d’ici à 2029. Ses objectifs : définir ce qu’est un microbiote de personnes en bonne santé et ses changements dans diverses maladies chroniques.

Seuls 10% des candidats passent la sélection

Premier filtre lorsque l’on veut faire des dons de selles : un questionnaire passe au crible les antécédents médicaux du donneur potentiel, les symptômes digestifs, les voyages récents et les risques d’exposition à des infections, notamment sexuellement transmissibles. Puis viennent un bilan sanguin complet et une analyse des selles à la recherche de bactéries, virus, parasites et autres agents pathogènes.

En revanche, pas de classement entre « bon » et « mauvais » microbiote : aucun test scientifiquement validé ne permet aujourd’hui de faire cette distinction, contrairement aux nombreuses publicités pour les analyses de microbiote. Le principal critère reste donc la bonne santé générale du donneur.

La sélection franchie, les dons peuvent commencer. Pendant une période de 15 jours à 8 semaines, le donneur effectue généralement 3 à 4 prélèvements de selles. Et la surveillance continue : à chaque fois, un nouveau questionnaire vérifie l’absence de problème de santé ou de risque infectieux (gastro-entérite, contact avec une personne infectée…). Des contrôles virologiques sont également réalisés chaque semaine. Les selles sont ensuite congelées en France (quelques pays utilisent encore des préparations fraîches), puis placées en quarantaine. Si tous les contrôles sont normaux à la fin de la période, c’est le feu vert : les « transplants » peuvent être utilisés.

A savoir, un seul don peut servir à plusieurs patients : environ 100 g de préparation permettent d’obtenir 2 à 3 transplants destinés aux infections à C. difficile. Avec deux périodes de dons, une même personne peut en fournir jusqu’à 24 par an ! 

En France, l’indemnisation varie selon les structures : elle peut atteindre 50 € par don de selles dans certains hôpitaux, et la réglementation autorise une compensation pouvant aller jusqu’à 1 000 € par mois, dans la limite de 5 000 € par an.

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