L'infection à Campylobacter est l'une des causes les plus fréquentes de gastro-entérites bactériennes chez l'humain. Selon l'OMS, « les maladies diarrhéiques sont les maladies les plus courantes causées par des aliments impropres à la consommation : 550 millions de personnes malades chaque année (dont 220 millions d'enfants âgés de moins de 5 ans). Campylobacter est l'une des 4 principales causes mondiales de maladies diarrhéiques ».

Transmise à l'humain principalement par la consommation de viande de volaille contaminée, l'infection peut provoquer une diarrhée, des douleurs abdominales, malaises, fièvre, maux de tête, nausées, vomissements. Les symptômes apparaissent généralement 2 à 5 jours après avoir consommé de la viande contaminée et peuvent durer 1 à 2 semaines.

L'infection est généralement bénigne, mais peut être mortelle, dans de rares cas, chez les personnes fragiles comme les personnes âgées, immunodéprimées et les très jeunes enfants (dans les pays les moins développés le plus souvent).

Une circulation de la bactérie multipliée par 100

Selon une étude Ineos Oxford Institute for Antimicrobial Research de l'Université d'Oxford, publiée le 27 juillet dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (Pnas), l'élevage industriel de volailles a multiplié par plus de 100 la circulation de la bactérie.

Pour parvenir à ce résultat, les chercheurs ont analysé près de 2 800 génomes bactériens, issus de poulets et d'oiseaux sauvages, provenant de 30 pays entre 1979 et 2024. « Ils ont découvert que l'expansion mondiale massive de l'élevage de poulets a créé des conditions idéales pour que la bactérie se propage, se mélange et acquiert de nouvelles caractéristiques favorisant sa survie », souligne l'Ineos Oxford Institute for Antimicrobial Research dans un communiqué.

En effet, depuis les années 1960, le nombre de poulets d'élevage a été multiplié par sept pour atteindre environ 31 milliards d'individus, représentant aujourd'hui 70 % de la biomasse aviaire.

Quelles modifications de Campylobacter ont permis son adaptation aux élevages de poulets ? Les scientifiques ont mis au jour des gènes impliqués dans la résistance aux antimicrobiens, la tolérance au stress oxydatif, l'acquisition de métaux - comme le zinc, le fer qui permettent à la bactérie de se multiplier et de se défendre notamment - , et la mobilité, qui permet de coloniser l'hôte plus efficacement.

Des scientifiques ont mis au jour des mutations génétiques, rendant la bactérie Campylobacter résistante aux antibiotiques notamment. © Choi_ Nikolai, Adobe Stock

L’élevage intensif au cœur de l’évolution des bactéries

« L'élevage industriel a créé l'un des plus vastes habitats pour animaux de la planète. Nos résultats apportent de nouvelles preuves que les changements environnementaux induits par l'Homme peuvent favoriser la propagation de maladies infectieuses. Avec l'accroissement des populations de poulets, les bactéries autrefois largement confinées aux oiseaux sauvages ont eu bien plus d'occasions de pénétrer dans les élevages avicoles, de s'y propager et de s'y implanter. Comprendre ces conséquences évolutives est essentiel pour réduire les risques futurs liés aux zoonoses et à l'antibiorésistance », déclare un communiqué de l'Université d'Oxford.

En effet, l'étude suggère aussi que les élevages industriels pourraient permettre à Campylobacter de se multiplier mais aussi à de nombreuses autres souches bactériennes provenant de sources multiples. Les chercheurs parlent ainsi « d'éponges à agents pathogènes ». Les modélisations mathématiques montrent que les bactéries parviennent à se maintenir dans ces élevages industriels alors qu'elles auraient probablement disparu dans des élevages à moindre échelle. Et une précédente étude de l'institut avait déjà montré que 80 % des infections humaines à Campylobacter dans l'Oxfordshire (Royaume-Uni), étaient liées à la viande de volaille et qu'une grande partie de ces infections étaient résistantes aux antibiotiques.

« À mesure que les souches de Campylobacter s'adaptent à la vie chez la volaille, elles peuvent acquérir des caractéristiques leur permettant de survivre dans des environnements hostiles, notamment liées à l'antibiorésistance. Comprendre comment les pratiques d'élevage influencent l'évolution bactérienne constitue une étape importante pour réduire le fardeau des maladies d'origine alimentaire », analyse dans le communiqué Oakem Kyne, doctorant et premier auteur de l'étude, Université d'Oxford.