« Les chauves-souris sont l’un des animaux qui hébergent le plus de virus », explique Étienne Simon-Loriere, responsable de la structure génomique évolutive des virus à ARN à l’institut Pasteur. Une nouvelle étude de l’Institut du Yunnan (Chine) pour le contrôle et la prévention des maladies endémiques en a trouvé vingt nouveaux dans des reins de chauves-souris. Jusqu’ici inconnus, deux sont des henipavirus, proche des deux virus dangereux pour l’homme, le Hendra et Nipah. Ces derniers sont parmi les plus redoutés au monde : ils provoquent, chez l’homme, des infections respiratoires ou neurologiques graves avec des taux de mortalité pouvant dépasser 70 %.

Les chercheurs, qui publient leurs résultats dans la revue Plos Pathogens , ont capturé 142 chauves-souris de 10 espèces différentes entre 2017 et 2021 dans 5 régions de la province du Yunnan, au sud-ouest de la Chine. Ils ont extrait leurs reins pour y analyser par séquençage métatranscriptomique tous les ARN présents. De nombreuses recherches sur les virus de chauve-souris se concentrent sur la détection dans les matières fécales, car « c’est le plus facile à collecter, informe Étienne Simon-Loriere. Il nous suffit de récolter leurs matières fécales, il n’y a pas besoin de tuer des chauves-souris, qui sont des animaux très utiles pour leur écosystème. » Mais la technique utilisée par les chercheurs chinois a un avantage : « Contrairement aux méthodes classiques, elle ne cible pas un seul virus ou une seule bactérie, mais capte l’ensemble des organismes en train de s’exprimer », explique le chercheur. Et elle permet « de détecter spécifiquement les virus à ARN, souvent invisibles avec d’autres méthodes », éclaire Étienne Simon-Loriere.

Un hôte de choix

Après une analyse phylogénétique pour identifier les virus, les chercheurs ont pu définir que ces deux nouveaux virus faisaient bien parti de la même famille que les redoutables Hendra et Nipah, qui tous deux ont pour hôte naturel des chauves-souris. Le virus Hendra, proche de l’un de ceux retrouvés dans les reins des chauves-souris, est répandu sur la côte est de l’Australie où il provoque des pneumopathies et des encéphalites chez les chevaux et leurs éleveurs. Quant au virus Nipah, il a été identifié pour la première fois en Malaisie et a provoqué plusieurs épidémies humaines ; « il se transmet lorsque des excréments ou de l’urine de chauve-souris se retrouvent sur des aliments que les humains vont consommer sans forcément les laver, comme les fruits ou les légumes », explique Étienne Simon-Loriere.

Les deux nouveaux henipavirus, nommés Yunnan bat henipavirus 1 et 2, ont été trouvés majoritairement chez des chauves-souris de l’espèce Rousettus leschenaultii. « En se répliquant dans les reins, ces nouveaux virus se transmettent très sûrement par l’urine », confirme Étienne Simon-Loriere.

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Pas de danger pour l’instant, mais une surveillance s’impose

Pour autant, pas de panique : en tant que mammifères volants, une rareté dans le règne animal, les chauves-souris représentent un hôte de choix pour de nombreux virus, parfois pour des virus inconnus, sans pour autant causer systématiquement une épidémie chez les êtres humains. « Pour le moment, continue Étienne Simon-Loriere, on ne sait pas si ces virus peuvent contaminer les humains, et encore moins s’ils peuvent se transmettre d’humains en humains ». Si ces deux nouveaux virus se sont transmis entre les différentes espèces de chauves-souris, c’est qu’elles peuvent parfois cohabiter, et s’uriner les unes sur les autres.

D’après les auteurs de l’étude, cette découverte souligne toutefois l’importance d’élargir la surveillance microbienne au-delà des selles ou du système digestif. Elle apporte une preuve génomique directe que des henipavirus circulent en Chine, dans une région voisine de la Malaisie (lieu d’origine de l’épidémie de Nipah). Et des recherches plus approfondies pourraient être envisagées. « Il faudrait étudier ces deux nouveaux virus pour déterminer s’ils peuvent ou non se transmettre à l’humain », estime Étienne Simon-Loriere. Ces analyses se font dans des laboratoires « hautement sécurisés de classe 4, avec de grandes restrictions, surveillés en continu, pour éviter toute fuite possible. »