Imaginez chercher une aiguille dans une botte de foin, sauf que l’aiguille mesure trois mètres, pèse plusieurs centaines de kilos, et que la botte de foin est un lagon de plus de mille kilomètres carrés. C’est à peu près le défi quotidien des agents chargés de surveiller les derniers dugongs de Mayotte. Ce mammifère marin paisible, cousin éloigné du lamantin, vit dans les eaux turquoise de l’archipel français de l’océan Indien depuis des générations. Pourtant, malgré sa taille imposante, il est devenu l’un des animaux les plus difficiles à observer sur le territoire français. En cette rentrée, alors que les équipes de terrain reprennent leurs missions de suivi après la saison des pluies, le constat reste le même chaque année : apercevoir un dugong relève presque de l’exploit.

Un géant marin que personne ne voit jamais

Le dugong appartient à la famille des siréniens, ces herbivores marins qui broutent tranquillement les herbiers sous-marins depuis des millions d’années. À Mayotte, ce géant discret peut atteindre trois mètres de long et peser plusieurs centaines de kilos, ce qui en fait l’un des plus grands mammifères marins évoluant dans les eaux françaises. Et pourtant, malgré ce gabarit qui devrait sauter aux yeux, les agents de l’Office français de la biodiversité (OFB) confirment une réalité troublante : ils ne croisent qu’un seul individu par an, parfois même aucun.

Cette rareté n’est pas due à un manque de moyens ou de compétences. Les naturalistes locaux passent des heures en mer, scrutent les herbiers, surveillent les zones habituellement fréquentées par l’espèce. Mais la population actuelle est si réduite qu’elle en devient presque fantomatique. On estime aujourd’hui que moins de 15 dugongs subsistent dans le lagon mahorais, un chiffre vertigineux comparé aux plus d’une centaine d’individus recensés avant les années 1970. Certains suivis évoquent même une population plus proche de six individus, ce qui placerait le dugong de Mayotte parmi les groupes les plus menacés de disparition sur le sol français.

Pourquoi cette population s’effondre depuis des décennies

Le déclin du dugong mahorais ne date pas d’hier. Avant les années 1970, la population était nettement plus abondante, mais une pêche excessive a rapidement fait chuter les effectifs. L’espèce, protégée depuis 1995, a bénéficié d’une réglementation renforcée en 1997 avec un encadrement strict de l’utilisation des filets dans le lagon. Ces mesures ont permis d’éviter une extinction totale, mais elles n’ont pas suffi à inverser la tendance. En 2015, un événement dramatique a rappelé la fragilité de cette population : un braconnier a tué l’un des derniers dugongs de Mayotte, alors même que sa capture était interdite depuis près de vingt ans. Un coup dur pour les efforts de conservation, qui a montré à quel point chaque individu perdu pèse lourd dans la balance.

Au-delà du braconnage, d’autres menaces continuent de peser sur l’espèce. Des captures accidentelles ont encore été recensées ces dix dernières années, en plus du trafic maritime qui traverse le lagon, de la pollution acoustique et de la dégradation générale des habitats. Les phanérogames marines, ces herbiers essentiels à l’alimentation du dugong, souffrent particulièrement de l’envasement progressif du lagon, un phénomène lié à l’érosion des terres et à la baisse de qualité des eaux côtières. Résultat : même quand un dugong survit aux filets et aux bateaux, il doit encore trouver de quoi se nourrir dans un environnement de plus en plus dégradé.

Traquer l’invisible : la méthode des naturalistes locaux

Face à un animal aussi difficile à observer, les scientifiques ont dû redoubler d’ingéniosité. Plutôt que de compter uniquement sur l’observation visuelle, une méthode plus subtile a été développée en collaboration avec le Centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte : l’analyse de l’ADN environnemental. Concrètement, il s’agit de récolter des échantillons d’eau du lagon, qui contiennent des traces génétiques laissées par les animaux qui y vivent. Sans jamais voir un seul dugong, les chercheurs peuvent ainsi confirmer sa présence dans une zone donnée, un peu comme s’ils relevaient des empreintes invisibles dans l’océan.

Cette technique change véritablement la donne pour le suivi d’une population aussi discrète. Elle permet de compléter les rares observations directes et d’affiner la cartographie des zones fréquentées par l’espèce. Fait encourageant : des couples mère-petit sont signalés chaque année depuis 2002, preuve que la reproduction, bien que très lente, se poursuit malgré tout. Il faut rappeler que les femelles dugongs n’atteignent leur maturité qu’entre 10 et 17 ans, et qu’elles ne donnent naissance qu’à un seul petit tous les sept ans environ. Un rythme démographique extrêmement fragile, qui explique pourquoi la moindre perte d’individu adulte peut avoir des conséquences dramatiques sur l’avenir de toute la population.

Sauver les derniers dugongs avant qu’il ne soit trop tard

L’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) ne se contente pas de classer le dugong parmi les espèces vulnérables à l’échelle mondiale. Elle considère que la sous-population du sud-ouest de l’océan Indien, à laquelle appartiennent les dugongs de Mayotte, est carrément en danger. Cette classification illustre l’urgence de la situation : sans intervention continue, cette poignée d’individus pourrait tout simplement disparaître des eaux françaises dans les décennies à venir.

Les efforts de conservation reposent aujourd’hui sur plusieurs piliers complémentaires : la surveillance renforcée du lagon, la restauration progressive des herbiers marins, la réduction de la pollution acoustique liée au trafic maritime, et bien sûr le développement de nouvelles méthodes de suivi comme l’ADN environnemental. Ces actions, menées conjointement par l’OFB et les naturalistes locaux, visent à donner à cette population minuscule les meilleures chances de se stabiliser, voire de croître à nouveau. Mais le chemin reste long, tant les dugongs se reproduisent lentement et tant les menaces environnementales persistent dans le lagon mahorais.

Derrière ce constat se cache une question plus large sur la place que la France accorde à ses territoires ultramarins et à leur biodiversité unique. Le dugong de Mayotte, invisible mais bien réel, incarne à lui seul la fragilité de nombreux écosystèmes tropicaux confrontés aux pressions humaines. Peut-être qu’un jour, grâce à ces efforts patients et discrets, croiser un dugong dans le lagon ne sera plus un événement exceptionnel, mais simplement le signe d’une nature retrouvée.